Kiraz yetiştiriciliğinde önemli olan kriterlerden biride budamadır. İnsalar kirazda budama eğitimi almaları gerekmektedir. Günümüzde sıkça kullanılan budama yöntemlerinden birisi Modifiye-Lider sistemidir.
İlkbaharda dikimi yapılmış bulunan fidanın budanması aşı yerinden yaklaşık yetmiş santim yukarı tarafından, öncü olacak sürgünün gözünün hemen üstünden meyilli olarak budama yapılmalıdır. Eğer dikimi sonbaharda yapılan kirazlar için budama yapılacaksa iki aşamada olmalıdır. Kirazda budama eğitiminde dikim işlemi tamamlandıktan hemen sonra aşı yapılan yerden doksan santim üstten tepe budaması yapılır. İkinci kademe de ilkbahar aylarına doğru yetmiş santim yukardan tepe budaması yapılır. Tepe tarafı budanan kiraz fidanlarına bordo bulamacı (bakır sülfat ve sönmüş kireç karışımı) yapılır. Bu bulamaç budanan bölgenin ve fidanın gözlerinin bazı hastalıklardan azda olsa korumayı sağlamaktadır. Birkaç sürgün oluşmaya başladıktan sonra bu sürgünlere rakip olabilecek gözler sırasıyla koparılarak çıkartılır. Aşı noktasından kırk santim civarında gelişen sürgünlerden kesilir ve böylece yere paralel dallar sağlanmış olur.
Ağacı çam ağacı tarzında budamak içlerine daha çok güneş almalarını sağlamaktadır. Gövde kalınlığının yarısı kadar olan dallar hemen budanmalıdır. Ve bu yöntemle genç meyve dallarının da yeri açılmış ve verimi hızlanmış olacaktır. Kiraz budama eğitiminde ilk yıllarda yapılacak budama çok önemlidir. Çünkü ağaca gelecekteki şeklini vermek bu ilk budamalara bağlıdır. Meyvenin erken verim vermesini ve genç yaşlardaki kısırlığının engellenmesi bu şekilde sağlanabilir.
Kiraz ağaçlarına dışarıdan bir işlem yapılmazsa uzun olan sürgünler az yan dala sahip olur ve verimlilik en alt seviyelere düşer. Yaz budamasında sürgün seyreltmeleri, uç alma, bükme, eğme, dalların karşılıklı bağlanmaları gibi işlemler uygulanmaktadır. Yazın ağaca uygulanacak muameleler meyvenin güneşi daha iyi görmesi ve bununla doğru orantılı olarak renklenmesini sağlamak amacındadır.